Kata bonsai berasal dari bahasa jepang, namun seni bonsai pertama kali muncul di Cina pada masa pemerintahan dinasti Tsin (265 – 420) dan tumbuh subur pada masa dinasti Tang (618 – 907). Hal ini tampak dalam lukisan-lukisan yang dibuat pada zaman dinasti Tang. Seni pemangkasan tanaman biasa disebut penjing oleh masyarakat Cina dan seni ini sangat digemari oleh para pejabat kerajaan di masa itu. Perkembangan dari penjing dilakukan oleh para biksu yang beragama Tao dimana tanaman ini merepresentasikan salah satu pokok ajarannya yaitu tentang terciptanya keseimbangan serta keharmonisan manusia dengan alamnya. Pada masa pemerintahan dinasti Yuan (1280 – 1368) banyak pejabat, pelajar, maupun pedagang yang berasal dari Jepang membawa seni bonsai tersebut ke negerinya hingga berkembang dengan pesat yang dibuktikan dalam lukisan-lukisan yang dibuat oleh Takakane Takashina sekitar tahun 1309.
Istilah bonsai di Jepang muncul pada pemerintahan Kamakura (1192 – 1333) yang dicatat dalam Kasuga Srhire. Kata bonsai berarti tanaman dalam pot dangkal. Pada masa yang sama, sebuah ilustrasi tentang bonsai muncul dalam gambar yang terkenal milik seorang pendeta bernama Honen. Ilustrasi itu memperlihatkan pohon-pohon dalam bentuk alami yang ditanam dalam wadah kecil (seperti baskom) yang diperagakan di atas sebuah papan. Ilustrasi ini menggambarkan bahwa seni bonsai ditujukan untuk kepuasan penggemarnya. Ilustrasi yang muncul pada masa pemerintahan Kamakura tersebut sebenarnya menggambarkan suatu kehidupan pada masa pemerintahan Heian (794 – 1191) yang menunjukkan bonsai sudah ada sejak dahulu kala.
Berbagai tulisan yang ada sejak masa Kamakura menyebutkan bahwa, pohon-pohon dikumpulkan dari berbagai lokasi seperti pegunungan dan ladang lalu dikerdilkan dan ditanam di dalam pot. Satu pekerjaan yang terkanal dari No yang dinamakan Hachi-no-ki menggambarkan tentang plum, ceri, dan cemara sebagai pohon-pohon yang ditanam di dalam pot. Pekerjaan ini dilakukan oleh warga negara pada masa pemerintahan Kamakura. Pada masa pemerintahan Kamakura kegemaran akan tanaman kerdil dalam pot ini mulai menyebar di kalangan atas dan lambat laun mencakup seluruh lapisan masyarakat.
Selama masa pemerintahan Edo (1615 – 1867) pembuatan tanaman dan tanaman di dalam pot, khususnya tanaman hias dan tanaman yang daunnya berwarna sangat populer dan berkembang dengan pesat. Namun, perkembangan bonsai tampak terbatas dan hanya memperlihatkan sedikit kemajuan. Baru setelah akhir masa pemerintahan Edo, seni bonsai meningkat kembali terutama setelah dimunculkan sebagai pemberi warna dalam memperindah lukisan dan syair dalam bentuk southerm sung (semacam seni lukis dan seni sastra pada akhir pemerintahan Edo).
Idealisme dan filsafat bonsai telah banyak berubah selama bertahun-tahun. Bagi bangsa Jepang, bonsai merupakan perpaduan dari kepercayaan kuno yang kuat dengan filsafat timur yang merupakan keselarasan antara manusia, jiwa dan alam.
Pada tahun 1914 di Tokyo diadakan pameran bonsai yang pertama. Hal ini bertujuan untuk menumbuhkan perhatian masyarakat terhadap seni bonsai. Sejak tahun 1934 sampai sekarang pameran yang sifatnya tahunan dilaksanakan di Museum Seni Metropolitan yang mengutamakan hasil karya bonsai-bonsai yang menarik. Dari sinilah seni bonsai merambah ke penjuru dunia dan juga termasuk Indonesia. Bahkan saat ini seni mengkerdilkan pohon (bonsai) tidak hanya menjadi milik bangsa Cina ataupun Jepang, melainkan telah menjadi milik seluruh bangsa di dunia.
